SMA Negeri 16 Semarang berdiri mulai 1 Juli 1999 berdasarkan SK Mendikbud tanggal 10 Oktober 1999, No. 0291/O/1999. Pada awalnya, kegiatan belajar mengajar di SMA Negeri 16 Semarang sempat bergabung dengan SMA 13 Semarang dengan mengambil waktu belajar siang/sore hari, karena belum memiliki gedung sendiri.

Sejak 14 Maret 2000 hingga saat ini SMA 16 Semarang menempati gedung baru di desa Ngadirgo, Mijen Semarang. Penggunaan gedung tersebut diresmikan oleh wali kota Semarang, bapak H. Sukawi Sutarip, SH, dengan didampingi oleh pejabat dari instansi terkait.

SMA Negeri 16 Semarang sudah mengalami pergantian kepala Sekolah yakni:

  1. Drs. Pudji Tikno ( 1999-2003)
  2. Drs. Soedjono 2003-2004)
  3. Drs. Hari Waluyo ( 2004-2005)
  4. Dra. Titi Priyatiningsih, M. Pd (2005- 2009)
  5. Khoirul Imdad, Ed.M (2009-2012)
  6. Dra. Lukita, M.Kom. (2012 – 2016)
  7. Drs. Agung Purwoko, M.Pd. (2016 – 2019)
  8. Wiwin Sri Winarni, S.S (2019 – Sekarang)